Под давлением интриг Сеген был вынужден в 1841 году уйти из Биссетра и организовать собственную частную школу для слабоумных.

Через несколько лет Сеген обратился во Французскую академию наук с просьбой составить комиссию для обследования его опыта и дать ему оценку. Эта комиссия тщательно выполнила свою миссию и высоко оценила результаты педагогической работы Сегена. Она признала, что Сеген — тот человек, который практически решил проблему воспитания идиотов. Это заключение комиссии привлекло внимание общественности других стран к школе Сегена. Ее стали посещать учителя, филантропы разных стран с целью использовать опыт Сегена у себя на родине.

В 1846 году вышел большой труд Сегена «Воспитание, гигиена и нравственное лечение умственно ненормальных детей». Эта книга была в 1903 году издана на русском языке в переводе М. П. Лебедевой и в течение многих десятилетий служила настольной книгой русских олигофренопедагогов.

Во Франции книга Сегена была встречена очень холодно. Ее идеи казались утопическими. Не находила должной поддержки во Франции и практическая деятельность Сегена. В 1848 году Сеген был вынужден покинуть родину и переехать в США, где его встретили с большим почетом. Американские врачи еще не имели опыта работы со слабоумными, поэтому они были свободны от каких бы то ни было предрассудков в этой области. И они были рады приветствовать пионера в области воспитания слабоумных.

Сеген — большой гуманист. Он был проникнут глубокой верой в человека. Сеген был убежден, что в каждом человеке, какими бы глубокими недугами он ни страдал, заложены огромные потенциальные возможности к совершенствованию физических и духовных сил. Эти возможности могут быть приведены в действие силой духа, воли и искусства воспитателя и путем создания благоприятных условий жизни для тех лиц, которые нуждаются в помощи врачей и воспитателей.

Сеген считал, что каждый человек, как бы он ни был немощен, имеет право на такую жизнь, на такое отношение к себе, в котором нет места нравственному унижению, физическим страданиям. Он понимал, что самое большое счастье — чувствовать себя человеком среди людей, осознавать, что ты не лишний, не обуза для них, а приносишь людям пользу.